Phân khoa Cấy ghép răng, trực thuộc khoa Phẫu Thuật Hàm Mặt, được Viện thành lập vào tháng 5/1999. Khoa Cấy ghép răng chính thức được Bộ Y t ế công nhận vào năm 2004. Nguyên Viện trưởng, PGS. TS. Lâm Ngọc Ấn cùng với các Bác sĩ nước ngoài đã thực hiện ca implant đầu tiên tại Việt Nam ngày 10/1/1994, đến nay, sau 26 năm vẫn còn sử dụng tốt. Hiện nay khoa thực hiện được hầu hết các kỹ thuật trong implant như Nâng xoang, các kỹ thuật tăng thể tích xương và mô mềm, đặt implant xương gò má, phẫu thuật dời dây thần kinh răng dưới, phục hình dưới sự hỗ trợ của kỹ thuật số… nhờ đó khoa có thể giải quyết được hầu hết các trường hợp lâm sàng từ đơn giản đến phức tạp.