Phòng Quản trị là phòng nghiệp vụ phụ trách về toàn bộ công tác quản trị trong bệnh viện. Tiền thân của Phòng Quản trị là Phòng Tổ chức – Hành chính Quản trị, được thành lập từ những năm đầu khi bệnh viện mới đi vào hoạt động. Qua từng thời kỳ phát triển, phòng đã được tái cấu trúc phù hợp với yêu cầu đổi mới về quản lý và nâng cao hiệu quả điều hành, lần lượt mang các tên gọi: Phòng Tổ chức – Hành chính Quản trị, Phòng Hành chính Quản trị và đến nay là Phòng Quản trị – tên gọi thể hiện rõ vai trò chuyên biệt trong tổ chức, quản lý toàn diện hạ tầng kỹ thuật, hậu cần, tài sản và dịch vụ hỗ trợ tại bệnh viện.